روز جمعه یازدهم تیرماه ۱۳۶۱ روز وقوع یکی دیگر از جنایات منافقین پس از شروع جنگ مسلحانه و ترور توسط این گروهک تروریستی در تابستان سال ۶۰ بود، روزی که آیت‌الله صدوقی، چهارمین شهید محراب پس از نماز جمعه و با زبان روزه به‌دست یکی از عناصر گروهک تروریستی منافقین به‌شهادت رسید.

یکی از نیرو‌های منافقین در این روز با دو قبضه نارنجک وارد محل نماز جمعه شد و در صفوف اول نماز قرار گرفت، پس از اقامه نماز در حالی‌که آیت الله صدوقی به سمت اتومبیل در حرکت بود این شخص از جای برخاسته و آیت الله صدوقی را در آغوش گرفت و بلافاصله انفجار مهیبی رخ داد. امام جمعه یزد که از ناحیه شکم و ستون فقرات به شدت آسیب دیده بود پیش از آنکه به بیمارستان برسد به درجه رفیع شهادت نائل آمد.

سال ۱۳۵۹ جنگ آغاز شد و آیت‌الله صدوقی در سال ۱۳۶۱ به شهادت رسید. در طول این مدت کوتاه این عالم مجاهد نسبت به سایرین، بیشترین حضور را در خطوط مقدم جبهه داشتند. برای رزمندگان جای تعجب بود که با وجود سن بالایی که داشت مسافت طولانی را از یزد تا جبهه می پیمود. آیت‌الله صدوقی بیان می‌کرد: « من باید به خطوط مقدم جبهه بروم، جان من فدای اسلام و قرآن».

امام خمینی (ره) در پی شهادت آیت الله صدوقی در پیام تسلیتی خطاب به ملت ایران نوشتند: «چه کسى اولى‏ به شهادت است در زمانى که کفر بنى امیه اسلام را تهدید می‌کرد، از فرزند معصوم پیامبر اسلام و فرزندان و اصحاب او؟ و چه کسى اولى‏ به شهادت است در عصرى که استکبار جهانى و فرزندان خلف آن در داخل و خارج، اسلام عزیز را تهدید می‌کنند، از امثال شهید بزرگوار ما و فقیه متعهد و فداکار اسلام شهید صدوقى عزیز- رضوان اللَّه علیه- شهید بزرگى که در تمام صحنه‌هاى انقلاب حضور داشت و یار و مددکار گرفتاران و مستمندان بود، و وقت عزیزش صرف در راه پیروزى اسلام و رفع مشکلات انقلاب می‌شد، و براى خدمت به خلق و انقلاب سر از پا نمى‏شناخت. هر جا زلزله می‌‏شد شهید صدوقى براى ترمیم خرابی‌ها آنقدر که توان داشت حاضر؛ هر جا که سیل می‌‏آمد او بود که در صف مقدم براى دستگیرى خلق خدا حاضر بود. در جبهه‌‏ها او و دوستان او و امثال او بودند که هر چند یک دفعه سرکشى کرده و آرامش قلب خلق اللَّه بودند. این مدعیان خدمت به خلق و قیام براى خلق که در بیغوله‌‏ها خزیده و در حال انقلاب به چپاول اسلحه و مهمات بیت المال خلق فعالیت شبانه روزى نمودند، اینک که خداوند تعالى چهره کریهِ‌شان را آشکار کرد و دستشان را از مال و جان خلق اللَّه کوتاه نمود، چنین خدمت‌گزارانى را از این خلق می‌گیرند و چون دزدان از سوراخ درآمده و غافلگیرانه اینگونه مردان فداکار براى ملت و توده‌‏هاى محروم را از محرومین می‌ستانند و آن را به حساب قدرت خویش می‌‏آورند و فتحى بزرگ براى خود و اربابان خود می‌‏دانند، و با تمام رسوایى باز خود را براى حکومت این ملت اسلامى مهیا می‌‏کنند. غافل از آنکه هر شهادتى ملت را به هدف بزرگ نزدیکتر می‌کند، و آنان را در پیشگاه حق و خلق رسواتر و بی‌‏آبروتر».